Vagabond menceritakan kisah kehidupan Musashi Miyamoto, seorang samurai legendaris dari Jepang abad ke-17. Setelah kekalahan dalam duel tragis yang menewaskan keluarganya, Musashi bertekad untuk menjadi pendekar pedang terhebat dengan menjalani perjalanan panjang yang penuh tantangan dan pembelajaran. Dalam perjalanannya, Musashi bertemu berbagai tokoh penting yang membentuk pandangan dan kekuatannya. Komik ini menggambarkan bagaimana dia berjuang melawan musuh, menghadapi konflik batin, dan mengalami transformasi menjadi seorang petarung yang bijaksana dan kuat.